La décision a incité plus de 100 parlementaires à soutenir une initiative parlementaire qui aurait pu ouvrir la voie à une procédure de destitution de Gibran.
Budi Arie a déclaré que la lettre avait été remise directement à Prabowo mercredi.
Ayant étudié à Singapour et en Australie, Gibran avait utilisé un certificat d'équivalence indonésien pour attester de ses diplômes.
Il avait 36 ans à l'époque, en deçà de l'âge minimum requis de 40 ans pour se porter candidat.
Il n'est devenu éligible qu'après qu'une décision controversée de la Cour constitutionnelle l'a exempté de cette condition d'âge.
Dans le même temps, un programme de repas scolaires gratuits peine à trouver des financements.
Des régions d'Indonésie ont récemment lutté contre les pires incendies de forêt du pays depuis dix ans.
La Bourse nationale est en crise au milieu d'allégations de manipulation généralisée du marché.
Tout cela se déroule à une période particulièrement turbulente de la présidence de Prabowo.