Des images satellites analysées par Amnesty montrent que plus de 230 structures ont été détruites par les flammes.
L'organisation de défense des droits humains, qui indique avoir interrogé des dizaines de témoins et de victimes, révèle que cet avertissement n'a pas empêché l'assaut.
Selon des témoins, des assaillants ont tiré sur des personnes à leur domicile ou alors qu'elles fuyaient.
Ils ont aussi incendié des habitations et le marché, pillé des biens et saccagé une partie de l'hôpital.
Dans les 48 heures précédant l'attaque, environ mille personnes avaient cherché refuge sur une base temporaire de la Minuss située près d'Abiemnom.
Selon Amnesty, l'organisation onusienne a reconnu que les tensions étaient vives depuis la mi-février.
Amnesty appelle le gouvernement et la Minuss à mener des enquêtes indépendantes sur cette attaque.
Elle demande aussi que les responsables rendent des comptes.
Indépendant du Soudan depuis 2011, le Soudan du Sud est ravagé par l'insécurité.